Trong những năm gần đây, nhờ tăng cường cơ sở vật chất cho NCKH, cải tiến công tác quản lý KH&CN, quy mô đề tài mà các nhà khoa học đăng ký và được phê duyệt đã tăng rõ rệt. Giai đoạn 2006-2009, ĐHQG-HCM có 66 đề tài cấp nhà nước, 454 đề tài cấp ĐHQG-HCM, 297 đề tài cấp tỉnh thành. Các đề tài, dự án KHCN rất đa dạng và tập trung vào những chương trình KH&CN trọng điểm Công nghệ thông tin và truyền thông, Cơ khí-tự động hóa, KH&CN Vật liệu và Nano, Năng lượng tái tạo, Công nghệ sinh học, Khoa học Trái Đất và Môi trường, Khoa học xã hội và nhân văn khu vực Nam bộ. Hoạt động NCKH đã góp phần đào tạo nguồn nhân lực trình độ cao, phát triển các công nghệ mới, tạo ra các phát minh sáng chế khoa học...